其原理是：當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質－蛋白質間的相互作用被保留了下來。如果用蛋白質X的抗體免疫沉淀X，那么與X在體內結合的蛋白質Y也能沉淀下來。目前多用精制的prorein A預先結合固化在argarose的beads上，使之與含有抗原的溶液及抗體反應后，beads上的prorein A就能吸附抗原達到精制的目的。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質是否在體內結合；也可用于確定一種特定蛋白質的新的作用搭檔。

一、免疫共沉淀的優點：

1. 相互作用的蛋白質都是經翻譯后修飾的，處于天然狀態。

2. 蛋白的相互作用是在自然狀態下進行的，可以避免人為的影響。

3. 可以分離得到天然狀態的相互作用蛋白復合物。

二、免疫共沉淀的缺點：

1. 可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質－蛋白質相互作用；

2. 兩種蛋白質的結合可能不是直接結合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；

3. 必須在實驗前預測目的蛋白是什么，以選擇最后檢測的抗體，所以，若預測不正確，實驗就得不到結果，方法本身具有冒險性。

免疫共沉淀(Co-IP)優缺點小結

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