離子阱質譜是利用高電場使質譜進樣端的 毛細管柱流出的液滴帶電，在氮氣氣流的作用下，液滴溶劑蒸發，表面積縮小，表面 電荷密度不斷增加，直至產生的 庫侖力與液滴 表面張力達到 雷利極限，液滴爆裂為帶電的子液滴，這一過程不斷重復使終的液滴非常細小呈噴霧狀，這時液滴表面的電場非常強大，使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進入 質量分析器。離子阱質譜從液相中產生離子，一般說來，肽段的混合物經過 液相色譜分離后，經過 偶聯的與 在線連接的離子阱質譜分析，給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時間一般較長。 現在已經出現了很多離子阱質譜與其它 分析儀器聯用的技術，如 氣相色譜-離子阱質譜聯用儀（GC-ITMS）、FTR-ITMS聯用技術。