IV-S是由硫酸乙酰肝素經肝素酶III降解后產生的不飽和二糖，可作為HPLC法肝素結構解析的對照品，或進行化學修飾。

III-H是由N-脫硫酸化肝素經肝素酶II降解后產生的不飽和二糖，可作為HPLC法肝素結構解析的對照品，或進行化學修飾。

III-A是由肝素經肝素酶II降解后產生的少量不飽和二糖，可作為HPLC法肝素結構解析的對照品，或進行化學修飾。

II-A是由肝素和硫酸乙酰肝素經肝素酶II和肝素酶III降解后產生的不飽和二糖，可作為HPLC法肝素結構解析的對照品，或進行化學修飾。

I-H是由N-脫硫酸化肝素經肝素酶II降解后產生的主要不飽和二糖，可作為HPLC法肝素結構解析的對照品，或進行化學修飾。

IV-A是由硫酸乙酰肝素經肝素酶III降解后產生的不飽和二糖，可作為HPLC法肝素結構解析的對照品，或進行化學修飾。

I-A是由肝素經肝素酶II降解后產生的少量不飽和二糖，可作為HPLC法肝素結構解析的對照品，或進行化學修飾。

III-S是由肝素經肝素酶I和肝素酶II降解后產生的不飽和二糖，可作為HPLC法肝素結構解析的對照品，或進行化學修飾。

檢測肝素原料藥中的反芻（牛，山羊，綿羊）DNA和豬DNA，借此確定肝素的動物來源。

肝素酶I切斷肝素和硫酸乙酰肝素(相對活性約3:1)在葡萄糖胺和O-硫酸艾杜糖醛酸之間的連鍵，產物主要是二糖。此酶也能切斷肝素分子中的抗*III結合五糖位點。

肝素酶III切斷硫酸乙酰肝素在葡萄糖胺和葡萄糖醛酸之間的連鍵，產物主要是二糖。此酶對肝素及低分子肝素無活性。

肝素酶III（heparinase III）可降解乙酰肝素，是肝素結構研究、臨床診斷和工業質控的有力工具。