數(shù)據(jù)庫中存在的突變可能是實(shí)驗(yàn)處理造成的

VEGT-Delisa試劑盒一項(xiàng)研究指出在DNA樣品中發(fā)現(xiàn)的一些序列變異實(shí)際上可能是由樣本處理過程中的損傷造成的，來自NEB（New England Biolabs）的研究人員了一種新運(yùn)算方法評(píng)估這些損傷，并建議在樣品制備過程中使用DNA修復(fù)酶，用以糾正這個(gè)問題。
這一研究成果表示，這種損傷比我們預(yù)期的更加普遍，這樣的錯(cuò)誤很可能會(huì)混淆真正的低頻出現(xiàn)的體細(xì)胞突變。
我們大家都知道，從保存時(shí)間長(zhǎng)的舊樣品，或者福爾馬林固定，石蠟包埋的組織中提取的DNA樣品容易發(fā)生斷裂和化學(xué)修飾，導(dǎo)致產(chǎn)生活體生物中本身并不存在的突變。但是的研究表明，事實(shí)上，任何DNA樣本都可能出現(xiàn)這種人為誘變的損傷，比如DNA超聲處理，即利用聲能來攪拌用于擴(kuò)增和測(cè)序的DN段，就有可能誘導(dǎo)引發(fā)突變的氧化損傷。
這樣的突變有時(shí)只在少數(shù)樣品中出現(xiàn)，因此不會(huì)造成多大困擾。但是在癌癥生物學(xué)中，目前越來越強(qiáng)調(diào)亞克隆識(shí)別，還有在血漿中檢測(cè)自由腫瘤DNA的突變，這兩者在樣品中的比率都很小。
NEB的研究人員Laurence Ettwiller等人設(shè)計(jì)了一種新的運(yùn)算方法，計(jì)算DNA測(cè)序樣本中這種損傷的程度。這一算法的基礎(chǔ)為：超聲處理期間DNA發(fā)生的氧化損傷會(huì)將鳥嘌呤轉(zhuǎn)化為8-氧代鳥嘌呤（8-oxoguanine），這在測(cè)序過程中會(huì)被當(dāng)作胸腺嘧啶用。
比對(duì)兩條互補(bǔ)鏈的測(cè)序片段，這些變化了的鳥嘌呤就會(huì)被認(rèn)為是錯(cuò)配位點(diǎn)，一條鏈讀出胸腺嘧啶，但互補(bǔ)鏈顯示的是胞嘧啶（能與鳥嘌呤配對(duì)）。另一方面，自然存在的鳥嘌呤-胸腺嘧啶突變又會(huì)出現(xiàn)本身配對(duì)的腺嘌呤。因此這一運(yùn)算方法通過比對(duì)*和第二測(cè)序結(jié)果，評(píng)估胸腺嘧啶的錯(cuò)配程度從而確定損傷的程度。
研究人員利用這種被命名為Global Imbalance Value (GIV，整體不平衡值，生物通譯)的運(yùn)算方法，檢測(cè)了千人基因組和癌癥基因組圖集項(xiàng)目里的數(shù)據(jù)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)千人基因組數(shù)據(jù)中41%都出現(xiàn)了指示損傷的不平衡分?jǐn)?shù)，癌癥基因組圖集項(xiàng)目更是高達(dá)73%。
對(duì)此研究人員建議在制備過程中將DNA修復(fù)酶混合物加入到DNA樣品中，這樣能得到穩(wěn)定的氧化損傷率。
提出了一個(gè)解決方法，利用酶的雞尾酒混合物修復(fù)DNA。 但他也指出，文章作者來自NEB，解決問題的辦法是使用NEB修復(fù)系統(tǒng)，因此這存在利益沖突。
對(duì)此，Ettwiller表示雖然研究組采用的是NEB酶來修復(fù)損壞的DNA樣品，但他們并不是說這將適用于所有DNA制備過程。
我們確實(shí)在賣這種用于修復(fù)測(cè)序上游DNA的酶混合物，不過我們并不為其打包票，我們還將繼續(xù)進(jìn)行評(píng)估。