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免疫共沉淀的優(yōu)點
1. 相互作用的蛋白質(zhì)都是經(jīng)翻譯后修飾的，處于天然狀態(tài)。
2. 蛋白的相互作用是在自然狀態(tài)下進行的，可以避免人為的影響。
3. 可以分離得到天然狀態(tài)的相互作用蛋白復合物。
免疫共沉淀的缺點
1. 可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)相互作用；
2. 兩種蛋白質(zhì)的結(jié)合可能不是直接結(jié)合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；
3. 必須在實驗前預測目的蛋白是什么，以選擇最后檢測的抗體，所以，若預測不正確，實驗就得不到結(jié)果，方法本身具有冒險性。
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