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CD46為一單鏈跨膜糖蛋白，其染色體定位于人類1號染色體短臂的32號區，分子量為45-70kDa，又命名為gp45-70，屬于補體活化調節蛋白因子家族。CD46的N端由四個補體控制蛋白（CCP）組成，后面是通過選擇性剪接產生的O-高度糖基化區域，并包含B和/或C異構體。B和C結構域富含氨基酸絲氨酸、蘇氨酸和脯氨酸（STP），并通過功能未知的12個氨基酸區域與跨膜結構域相連。
CD46的細胞內區域由兩種氨基數目不同的短尾(Cyt1包含16個氨基，cyt2含有23個氨基)組成。選擇性剪接可產生帶有CYT-1的同工型或帶有CYT-2的同工型，它們都含有信號傳導基序，并且在炎癥環境中差異表達
人CD46也稱為膜輔因子蛋白（MCP），屬于補體激活調節劑（RCA）蛋白質家族。除了CD46，RCA家族還包括衰變加速因子（CD55 / DAF）、補體受體1（CR1 / CD35）和2（CR2 / CD21）、C4結合蛋白和H因子（FH）。如Figure2所示，CD46作為膜輔因子介導的C3b和C4b裂解輔助因子，是先天免疫系統中經典和選擇性補體激活級聯反應的關鍵調節因子[6]。裂解多余的C3b可以產生膜結合的C3bi和可溶性C3f。C4b的裂解可以產生膜結合C4d和可溶性C4c。
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