蛋白質組學研究，樣本準備知多少？

• 取新鮮組織，剔除血管、脂肪、結締組織等與研究無關的干擾組織；

• 用生理鹽水或PBS清洗和污染物，用無塵吸水紙吸去表面液體；

• 將切成邊長 0.5 cm 小塊或 100 mg 左右小塊；

• 將組織塊用液氮速凍5 min以上，并于-80℃保存。

腦、心、肝、脾、肺、腎、肌肉、皮膚等常規動物組織，定量蛋白質組推薦送樣量＞200 mg；修飾蛋白質組推薦送樣量＞500 mg。

• 地上部分在樣本離體前用無菌水清洗雜質，水干后采集樣本；地下部分在樣本離體后，用預冷的PBS清洗雜質，無塵紙吸干后采集樣本；

• 去除非目標組織及衰老、霉變等干擾部分；

• 樣品剪切成小塊，錫紙包裹或放入凍存管中；

• 將組織塊液氮速凍5 min以上，并于-80℃保存。

幼嫩的根、葉、花、愈傷組織等常規植物組織，定量蛋白質組推薦送樣量＞1g；修飾蛋白質組推薦送樣量＞2 g。

血漿樣本

• 使用EDTA抗凝劑和蛋白酶抑制劑的采集血液；

• 輕輕地上下顛倒混勻 8-10 次；

• 立即4℃，1600 g離心 10 min；

• 用移液器將血漿轉移到離心管中，加入蛋白酶抑制劑，混勻，瞬時離心。

血清樣本

• 使用真空收集血液；

• 輕輕地上下顛倒混勻5-6 次；

• 4℃，靜置15-30 min；

• 4℃，1600 g離心10 min；

• 用移液器將上層淡黃色血清轉移到離心管中，加入蛋白酶抑制劑，混勻，瞬時離心。

血漿/血清樣本，定量蛋白質組推薦送樣量＞500 ul。

懸浮細胞

• 細胞培養至2-5×10⁵/ml，收集到15 ml離心管中，4℃，400 g-1000 g離心5-10 min，去上清；

• 收集的細胞用10 ml PBS洗3次；

• 1 ml PBS重懸細胞后轉移到新的1.5 ml離心管；

• 再次用上述條件離心，盡可能將上清去除干凈；

• 用適量PBS重懸，液氮速凍，并于-80℃保存

貼壁細胞

• 細胞培養至覆蓋度70-90%；

• 去培養基，培養皿用10 ml PBS洗3次，培養皿倒扣，將液體控干；

• 培養皿置于冰上，消化后，加入PBS懸浮細胞；

• 收集到15 ml離心管中，4℃，400 g-1000 g離心5-10 min，去PBS；

• 1 ml PBS重懸細胞后轉移到新的1.5 ml離心管；

• 再次用上述條件離心，盡可能將上清去除干凈；

• 用適量PBS重懸，液氮速凍，并于-80℃保存。

懸浮/貼壁細胞，定量蛋白質組推薦送樣量＞1×10⁷個細胞或體積＞50ul細胞沉淀；

磷酸化蛋白質組推薦送樣量＞5×10⁷個細胞或體積＞200ul細胞沉淀；

乙酰化、泛素化蛋白質組＞1×10⁸個細胞或體積＞500ul細胞沉淀。

• 離心法或其他方法分離菌和培養基；

• 收集菌體到15 ml離心管，用10 ml PBS洗3次；

• 用1 ml PBS 重懸菌體，轉移到1.5 ml離心管中離心，用槍頭吸去上清，記錄菌的濕重或體積；

• 用適量PBS重懸，每管100 ul分裝，液氮速凍，并于-80℃保存。

微生物菌體，定量蛋白質組推薦送樣量濕重＞100mg或體積＞100ul；修飾蛋白質組推薦送樣量濕重＞300mg或體積＞300ul。

膠點膠條

膠點/膠條或者泳道皆可，推薦考馬斯亮藍染色，要求條帶清晰，無降解。

IP / Co-IP / Pull-down樣本

蛋白洗脫液要求蛋白總量＞5ug，蛋白溶液進行SDS－PAGE電泳，下方兩種電泳方式任選其一即可。

• 蛋白洗脫液，跑分離膠5cm（不含濃縮膠的SDS－PAGE），切下5cm膠條，放入1.5ml離心管中。

• 蛋白洗脫液，跑SDS－PAGE標準的膠，切下目標條帶即可，放入1.5ml離心管中。