客戶文章 | DAP-seq助力揭示番茄抗酸鋁分子調控新機制

2024年10月2日，云南農業大學園林園藝學院營養逆境與品質改良楊建立/范偉團隊在Horticulture Research期刊(IF=7.6)上在線發表題為“SlST0P1-regulated SlHAK5 expression confers Al tolerance in tomato by facilitating citrate secretion from roots”的研究論文。該研究通過DAP-seq和RNA-seq在全基因組水平挖掘了番茄抗酸鋁核心轉錄因子SlST0P1互作位點，明確了受SlST0P1直接調控的抗酸鋁基因，并對其中一個與鉀離子轉運有關的轉運蛋白基因SlHAK5在抗酸鋁中的功能進行了解析。

云南省酸性土壤占了土地面積50%左右，在pH低于5.5的酸性耕地中，44%為旱地，33%為水田。土壤酸化導致的酸鋁脅迫，礦質營養元素缺乏，以及土傳病害高發，嚴重制約著云南省農作物的優質高效生產。Cys₂His₂型鋅指結構轉錄因子ST0P1在高等植物中既保守又功能多變，而番茄中SlST0P1調控抗酸鋁的分子生理機制仍未得到系統研究。

為了鑒定SlST0P1蛋白的全基因組結合靶點，作者進行了DNA親和純化測序（DAP-seq）實驗。兩個重復中共有peak數量為7824個，分布在不同染色體上。這些結合位點主要集中在基因轉錄起始位點（TSS）周圍2 Kb的區域內，其中有68%的結合位點位于基因間區。同時鑒定到SlST0P1結合的motif：5′-CCTTCCCCAGATAA-3′。

圖1 通過DAP-seq技術鑒定SlST0P1在全基因組的結合位點

為了確定SlST0P1在鋁脅迫下的直接靶點，作者對多組樣本進行了轉錄組測序，將RNA-seq中的327個overlap DEGs與DAP-seq中的啟動子靶向基因進行聯合分析。結果發現，在鋁脅迫下SlST0P1通過與39個基因的啟動子結合進行轉錄調控。這些SlST0P1直接調控的Al應答基因在功能上可分為轉運體、轉錄因子、信號傳導、代謝等基因。39個基因中有7個與已知的耐鋁基因同源，表明這些目標基因可能是番茄中最重要的耐鋁基因。作者將基因SlRAE1、SlSTAR1、SlHAK5和SlAAE3-1進行可視化，發現SlST0P1與這些基因的結合位點位于tss附近。隨后作者挑選了SlHAK5基因進行雙熒光素酶報告實驗和EMSA驗證。

圖2 SlST0P1與Al調控基因簇的結合及其直接調控

本研究成功挖掘到酸鋁脅迫下受SlST0P1直接調控的39個下游靶基因，包括課題組先前發現的甲酸鹽脫氫酶基因SlFDH（The Plant Journal,2023,113:387–401；doi: 10.1111/tpj.16054）和本研究中揭示的鉀離子轉運蛋白基因SlHAK5。上述研究的發現進一步闡明了番茄抗酸鋁核心分子調控網絡，為創制耐酸鋁番茄新種質奠定了基礎。