“FFPE DNA提取”你需要的，都在這里！

多年來(lái)，石蠟包埋切片技術(shù)一直是用于病理檢查的主要手段，隨著科學(xué)不斷發(fā)展，現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)越來(lái)越廣泛地被用于人類疾病研究的諸多領(lǐng)域，許多腫瘤都可以用基因及其蛋白質(zhì)產(chǎn)物等在分子結(jié)構(gòu)上的變化來(lái)解釋其病因和發(fā)病機(jī)制。新鮮或速凍樣本是DNA的重要來(lái)源，但是收集和維護(hù)它們的成本很高，因此無(wú)法廣泛獲得。1985年，Goelz等^[1]最先從石蠟包埋組織中提取出高質(zhì)量的DNA，結(jié)束了DNA研究依賴于新鮮或速凍樣本的歷史，石蠟包埋組織DNA提取技術(shù)對(duì)腫瘤發(fā)生的分子機(jī)制的探討，診斷與研究等方面均具有重要價(jià)值。

石蠟包埋組織DNA的脫蠟方法有物理法，二甲苯脫蠟法，72℃保溫脫蠟法，TES溶液水浴脫蠟法等，目前ZUI常用的是二甲苯脫蠟法，但二甲苯是有毒試劑，是3類致癌物之一。ZYMO通過(guò)多年研發(fā)，推出了一款快速簡(jiǎn)便且DU有的無(wú)毒脫蠟液的FFPE DNA提取試劑盒。

北京百奧創(chuàng)新科技有限公司提供此款試劑盒：

簡(jiǎn)介：

FFPE DNA小量提取試劑盒為從福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織樣本和切片中高產(chǎn)量/高質(zhì)量地分離DNA提供了一種簡(jiǎn)單而可靠的方法。該產(chǎn)品的獨(dú)TE化學(xué)成分經(jīng)過(guò)優(yōu)化，可最大限度地回收非交聯(lián)、超純DNA，而且不會(huì)受到RNA污染。只需使用提供的蛋白酶K消化脫蠟組織，加熱，然后使用試劑盒中的Zymo-Spin柱純化DNA。PCR抑制劑在分離過(guò)程中被有效去除，洗脫的DNA是PCR、下一代測(cè)序、酶操作等的理想選擇。

操作流程示意圖：

優(yōu)點(diǎn)：

提取效率比較：

使用本試劑盒與供應(yīng)商Q Kit從同樣樣本中提取到的DNA進(jìn)行實(shí)時(shí)PCR分析比較。如上圖的擴(kuò)增曲線所示，使用本試劑盒分離的DNA始終產(chǎn)生較低的Ct值。

兼容不同片段提取：

本試劑盒選擇性分離DNA＞50bp或＞500bp的DNA，然后在1%瓊脂糖凝膠上進(jìn)行分析。

提取步驟：

脫蠟：

1.盡可能多的從組織上去除石蠟，然后將樣品放置到一個(gè)1.5 ml離心管中。

注意：最多處理25 mg石蠟塊中的組織或最多4個(gè)組織切片（總表面積20mm²）建議處理1-2個(gè)切片

2.向樣品中加入400 μl脫蠟液，55°C孵育1分鐘，短暫渦旋。

3.除去樣品中的脫蠟溶液然后處理下一個(gè)切片。

組織消化：

1.針對(duì)離心管中去除了脫蠟液的組織樣品 (≤25 mg) ，加入以下混合物：

2.

3.將溫度調(diào)到94°C孵育20分鐘。然后加入5 μl RNase A，混勻，在室溫下再孵育5分鐘。

DNA純化：

1. 向離心管中加入350 μl Genomic Lysis Buffer，渦旋混勻。

2. 向樣品中加入135 μl異丙醇（自行準(zhǔn)備）并混勻。≥ 12000×g離心1分鐘，去除不溶物。

3. 將上清液轉(zhuǎn)移到Zymo-Spin? IICR柱中，Zymo-Spin? IICR柱套在一個(gè)收集管里，10000×g離心1分鐘。

4. 將Zymo-Spin? IICR柱套在一個(gè)新的收集管中，加入400 μl Genomic DNA Wash 1，10000×g離心1分鐘。棄掉收集管中的廢液。

5. 向Zymo-Spin? IICR柱中加入700 μl Genomic DNA Wash 2，≥ 12000×g離心1分鐘。棄掉收集管中的廢液。

6. 向Zymo-Spin? IICR柱中加入200 μl Genomic DNA Wash 2，≥ 12000×g離心1 分鐘。

7. 將Zymo-Spin? IICR柱轉(zhuǎn)移到干凈的微量離心管中。加入≥ 50 μl DNA Elution Buffer或水（如果采樣25 mg組織，添加≥ 100 μl）到柱基質(zhì)上。室溫下放置 2-5 分鐘。

8. 全速離心30秒以洗脫 DNA。

洗脫的DNA可立即用于基于分子的應(yīng)用或儲(chǔ)存在≤-20oC以備將來(lái)使用。

[1] GOELZ SE, HAMILTON SR, VOGELSTEIN B. Purífication of DNA from formaldeyde fixed and paraffin-embedded tissues[J].Biochem Biophys Res Commun, 1985, 130(1):118-126.