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蛋白Marker是蛋白分子量標準，是一些已知分子量的蛋白質的混合物，像“尺子"一樣用來指示蛋白質條帶的大小。Marker的作用主要是用來指示蛋白條帶所對應的分子量大小，只有標準量精確無誤了，實驗結果才有說服力，因此選擇正確的蛋白Marker也是WB實驗成功的必要條件之一。那么你知道蛋白Marker有哪些分類嗎？
總體來說目比較常用的蛋白Marker分為非預染蛋白Marker和預染蛋白Marker。
非預染蛋白Marker是幾種已知分子量并純化好的蛋白質預混液，方便不同大小的蛋白進行比較。非預染的Marker使用上不如預染Marker好用，因為電泳過程中看不到，電泳結束后經過蛋白染色后才能起指示作用，無法在實驗過程中起預示參照作用，屬于“后知后覺"型的。但是由于蛋白沒有附帶染料分子或者是標記分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，所以比較準確，可以精確判斷蛋白大小。
預染蛋白Marker是純化好的一些蛋白，通過與染料共價耦聯后混合在一起，在電泳過程中或者轉膜時可以直接觀察到。
預染蛋白Marker的出現方便了我們的實驗，這種蛋白分子量標準可以幫助我們在電泳時、電泳后，以及轉膜后監測電泳情況和估計遷移率——比如，已知垂直電泳最佳分辨區域大約在膠的2/3處，如果使用預染Marker就可以預測目標蛋白進入最佳分辨區時停止電泳以得到最佳分辨效果；如果觀察到Marker電泳異常也可以及時終止電泳；還可以在膜上標記蛋白分子量，所以吸引了許多實驗室人員選擇預染蛋白標準。
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