離子阱質(zhì)譜（ITMS）是利用高電場(chǎng)使質(zhì)譜進(jìn)樣端的 毛細(xì)管柱流出的液滴帶電，在氮?dú)鈿饬鞯淖饔孟拢旱稳軇┱舭l(fā)，表面積縮小，表面 電荷密度不斷增加，直至產(chǎn)生的 庫(kù)侖力與液滴 表面張力達(dá)到 雷利極限，液滴爆裂為帶電的子液滴，這一過(guò)程不斷重復(fù)使最終的液滴非常細(xì)小呈噴霧狀，這時(shí)液滴表面的電場(chǎng)非常強(qiáng)大，使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進(jìn)入 質(zhì)量分析器。離子阱質(zhì)譜從液相中產(chǎn)生離子，一般說(shuō)來(lái)，肽段的混合物經(jīng)過(guò) 液相色譜分離后，經(jīng)過(guò) 偶聯(lián)的與 在線連接的離子阱質(zhì)譜分析，給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時(shí)間一般較長(zhǎng)。

離子阱分析器它是由環(huán)行電極和上、下兩個(gè)端蓋電極構(gòu)成的三維四極場(chǎng)。原理：將離子儲(chǔ)存在阱里，然后改變電場(chǎng)按不同質(zhì)荷比將離子推出阱外進(jìn)行檢測(cè)。