氣相色譜儀在石油、化工、生物化學、醫藥衛生、食品工業、環保等方面應用很廣。它除用于定量和定性分析外，還能測定樣品在固定相上的分配系數、活度系數、分子量和比表面積等物理化學常數。但是要想得到準確的分析結果，就必須確保儀器運行時各部件的正常，否則實驗將變得沒有意義。
氣路系統要主要是否泄漏，要經常利用毛刷或毛筆蘸上肥皂水進行檢漏，以免造成意外。EPC系統則可在一定程度上自動檢漏。穩壓閥在不不工作時應放松手柄，避免防紋波管疲勞失效。為了避免防閥密封圈粘在閥門上而損壞，應將針形閥處于“開"的狀態。此外，當載氣鋼瓶壓力低于1.5×106Pa時，則應更換新氣瓶。
氣相色譜儀的進樣系統，在進行操作時，尤其是手動進樣時要確保進樣速度快，取樣量準確。取樣前用供試品溶劑洗針至少3次，再用要分析的供試品洗針至少3次，以避免供試品之間的相互干擾。選擇合適的注射器同樣重要，一般10μl微量注射器是zui常用的，而進樣量要控制在1μl以下，就應采用5μl或1μl的注射器。微量注射器用后必須進行清洗。
為了避免色譜柱污染，在色譜柱短期內不用時，應從儀器上卸下，并在柱兩端用硅橡膠堵上存放于包裝盒上。避免高溫時切斷載氣造成固定液氧化降解，因此可以在關機前將柱箱溫度降到50℃以下，再關電源和載氣。新色譜柱在應用前需要先測試柱性能，以確保性能合格，安裝新色譜柱時應重新設定柱箱保護溫度。當色譜柱使用后，出現基線波動或出現鬼峰現象時，則應該對色譜柱進行老化，
檢測器的TCD盡量采用高純度的氣源，通氣半小時以上后方可通電，先通載氣后加橋流。熱導池用于高溫分析時，如要停機，首先切斷橋電流，等檢測室溫度低于100℃以下，再關閉氣源。FID應在*的N2／H2比以及*空氣流速的條件下操作，這關系到其靈敏度。粒子室必須處于屏蔽、干燥和清潔的環境中，以避免外界的干擾。測定流量，測氫氣時，要關閉空氣，火焰熄滅時，應盡快關閉氫氣閥門，以確保安全。檢測器溫度設置應高于色譜柱實際工作的zui高溫度，來避免污染。
