農藥可分為殺菌劑、除草劑和殺蟲劑。
由化學組成可分為有機氯農藥、有機磷農藥、氨基甲酸酯、含氮除草劑、苯氧羧酸除草劑等。各種農藥使用后殘留存在于土壤、水、植物體中，對不易降解的農藥，經食物鏈會在人體中聚集，從而造成對人體健康的危害。
有機氯農藥在20世紀 50-60 年代的廣泛使用已造成對人類居住環境的嚴重危害，現已禁用。圖6-4-65 為使用正向分配色譜柱，對有機氯農藥的分離譜圖。色譜柱為Micro Pak載體涂漬33% β，（φ2.4mm×500mm），流動相為異辛烷，流量0.5mL/min，用UVD（254nm）檢測。
有機磷農藥施用后，受熱會分解，殘留物危害較小，但其自身有強毒性和惡臭味，施用過程會對人畜造成傷害。圖 6-4-66 為有機磷農藥的分離譜圖。色譜柱為Lichrosorb RP - 18（5μm，φ0.7mm×200mm，微填充毛細管柱），流動相為F’5甲醇水溶液，流量為40μL/min。色譜柱后流出液經一石英毛細管接口加熱至300℃，用N2氣噴霧，溶劑揮發后，樣品被N2氣帶入熱離子檢測器檢測（也可用蒸發激光散射檢測器檢測），對磷的zui小檢出量為0.2-0.5pg/s。
氨基甲酸酯類農藥具有、低毒的特點。圖6-4-67為氨基甲酸酯類農藥的反相鍵合相色譜分離譜圖。色譜柱為μ - Bondapak C18（10μm，φ4mm×300mm），流動相為20%乙腈水溶液，進樣后20-60min 使流動相中乙腈含量增至60%，并保持至80min，檢測器為UVD（220nm），實現 23 種組分的分離。此類農藥還可用電化學檢測器檢測。
