標(biāo)記蛋白具有許多優(yōu)點。原則上，該方法為檢測各種細(xì)胞成分中感興趣的蛋白提供廠新的手段。
①如果開放閱讀框已經(jīng)被克隆化，但是由于蛋白是新發(fā)現(xiàn)的，或者由于蛋白免疫原性較弱， 目前尚沒有針對該蛋白產(chǎn)物的抗體時，此標(biāo)記技術(shù)具有重要的應(yīng)用價值。隨著基因組的研究，由基因工程進入蛋白工程，標(biāo)記技術(shù)顯得越來越重要。
②由于標(biāo)記物不是天然蛋白氨基酸序列的固有部分，與標(biāo)記物結(jié)合的試劑在進行蛋白提純過程中，對蛋白功能產(chǎn)生影響的可能性較小。
③只要具備適當(dāng)?shù)妮d體，標(biāo)記蛋白可在任何細(xì)胞中進行表達；例如，相同的標(biāo)記蛋白既可在細(xì)菌中表達，又可在昆蟲細(xì)胞系統(tǒng)中表達。
④標(biāo)記物的定位特性以及與其他分子的相互作用，可通過穩(wěn)定轉(zhuǎn)染細(xì)胞中的表達進行監(jiān)測。標(biāo)記物用于細(xì)胞染色和免疫印跡中檢測蛋白，對區(qū)分內(nèi)源性的未標(biāo)記蛋白和外源性蛋白效果較好。
⑤標(biāo)記物可用于免疫沉淀試驗，由于抗標(biāo)記物抗體的高度特異性，可以檢測結(jié)合在標(biāo)記蛋白上的其他感興趣的目的蛋白。
⑥標(biāo)記技術(shù)可用于純化表達的蛋白，其特點是由于洗脫方法非常溫和，可以純化活性蛋白或蛋白復(fù)合物。
⑦因為每個標(biāo)記物是*的，有可能在同一細(xì)胞表達系統(tǒng)中同時表達多種標(biāo)記物以研究蛋白質(zhì)之間的相互作用或進行共定位（colocalization）。也可以使用多種標(biāo)記物對同一蛋白或蛋白復(fù)合物進行純化，如按順序地使用2種標(biāo)記物純化蛋白質(zhì)時，可取得較好的效果。
隨著標(biāo)記物技術(shù)的廣泛應(yīng)用，已出現(xiàn)了范圍越來越廣泛的商品化產(chǎn)品，極大地推動了該技術(shù)的發(fā)展。表位作圖和新的標(biāo)志蛋白以及蛋白和配體相互作用研究的成功，導(dǎo)致了大量新的標(biāo)記系統(tǒng)不斷出現(xiàn)，然而目前還沒有適用于各種研究所需的標(biāo)記物。在某些研究工作中，有必要使用多種不同的標(biāo)記物，以證明標(biāo)記物是否對蛋白活性產(chǎn)生影響。
DNA重組標(biāo)記技術(shù)的兩種主要用途是蛋白檢測和蛋白純化，但兩種應(yīng)用目的對標(biāo)記物的特性要求不同。雖然大多標(biāo)記物可用于蛋白的檢測和蛋白純化，但是某些標(biāo)記物只適用于其中之一。
