二氧化碳培養箱須先經過清潔才能實現消 毒和滅 菌的目的，許多殺 菌劑只對經過清潔過的物品才具有殺 菌活性。清潔時須使用與以后使用的消 毒劑或殺 菌劑化學性質上相容的試劑進行清潔、消 毒。
①清潔箱體表面：先拂去表面的灰塵，再用濕的海綿或軟布清洗，再用軟布擦干。如果有污物則用低濃度的清潔劑清洗，然后擦干。
②清洗箱體內部：選擇合適的消 毒劑。所有的物件和表面須清洗，然后用無菌水沖洗，再擦干或晾干。
③清洗玻璃門：清洗箱內的玻璃門時使用的清潔劑和清洗培養箱內部時使用的相同。然后用蒸餾水漂洗，從而清 除殘留的清潔劑，用軟布把門擦干。
二氧化碳培養箱的消 毒和滅 菌
消 毒是指殺 死微生物的物理或化學手段，但不除其孢子。滅 菌是指殺 死所有微生物，當培養箱內細胞受到污染時則需要采取滅 菌措施。一般，在培養箱內細胞沒有污染的情況下平均1-3個月消 毒一次。3種消 毒滅 菌的方式是：液體消 毒劑、紫外和加熱。
①液體消 毒劑：選擇對培養箱無腐蝕性的液體消 毒劑，并且液體消 毒劑的消 毒效果好壞和很多因素有關。比如：場所的溫度、接觸時間、pH、穿透能力、有機物的反應。這些因素中的一些很小的變化可能會造成去 污劑的效力上大的不同。因此甚至在很有利的情況下，當要求須無菌時，液體去 污劑也不是可信賴的去 污方法。
②紫外消 毒：一般先用蒸餾水清洗干凈后，再用培養箱自帶的紫外燈照射一 天或者用手提式的紫外燈照射。因被遮擋時或距離遠時都會削弱紫外滅 菌的效果，紫外滅 菌方式較為簡單。
③加熱：濕熱和干熱被認為是殺 菌的方法。在一般環境下，高壓滅 菌器加熱到121℃快速產生蒸汽是的方法，但是二氧化碳培養箱無法進行高溫高壓滅 菌，只能退而求其次進行90℃濕熱滅 菌，但90℃因為溫度過低，起不到100℃以上水蒸汽所帶來的滲透性和高壓力效果，所以滅 菌效果也大打折扣.而干熱140℃-180℃，可以起到滅 菌的作用。
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